De Belastingdienst heeft sinds de invoering van de loonaangifte in 2006 een groot aantal controles op de inhoud van de loonaangifte gedaan. Er werd steeds strenger omgegaan met fouten die uit de controles naar voren kwamen. Tot op heden vaak nog zonder het opleggen van boetes. Het doel van deze controles was het verbeteren van de kwaliteit van de loonaangiftes.
De Belastingdienst hanteert twee soorten fouten: een ‘warning’ en een ‘error’. Bij een ‘warning’ krijgt u als werkgever een correctieverzoek en kunt u de fout in een volgende loonaangifte corrigeren, terwijl bij een ‘error’ de volledige loonaangifte wordt afgekeurd. Vanaf 1 oktober 2009 is de Belastingdienst de binnengekomen loonaangiftes wederom strenger gaan beoordelen. Het kan daarom zo zijn dat een fout die voorheen werd behandeld als een ‘warning’, vanaf heden wordt gezien als een ‘error’.